Modèle polytomique non ordonné

Endo (2002) a utilisé une analyse parsimonie pour déduire la phylogénie des Gadiformes (Teleostei, Paracanthopterygii; sensuNelson, 1994) basée sur des données morphologiques. Il a examiné les synapomorphies des Gadiformes notées dans des études antérieures (Rosen & Patterson, 1969; Okla, 1970), qu`il a jugée problématique ou nécessitant une enquête plus approfondie. Il présentait une matrice de 17 taxons Gadiformes et 23 caractères morphologiques étayés par des arguments sur la série de transformations. Des séries de transformations non ordonnées à plusieurs États ont été utilisées pour l`analyse de parsimonie. Son travail constitue la base de la classification actuelle des Gadiformes (Wiley & Johnson, 2010). Comme l`a noté Nelson (2006), «la classification d`endo (2002) représentait une avancée majeure dans la systématique et la classification des Gadiformes, et ce travail devrait être consulté pour une nouvelle approche cladistique.» Ci-dessous, nous réanalysons la matrice de données d`endo (2002). Après avoir créé un modèle, vous pouvez le modifier en le sélectionnant sous caractères > modifier le modèle de caractère. Vous pouvez renommer ou supprimer un modèle en allant dans la fenêtre Liste des modèles de caractères disponible sous caractères. Pour la parcimonie avec des États non ordonnés, dix arbres les plus parcimonieux de 156 marches sont trouvés, avec CI = 0,51 et RI = 0,68.

Pour la parsimonie avec des États ordonnés, trois arbres les plus parcimonieux sont trouvés, avec CI = 0,40 et RI = 0,67. Dans les deux arbres de consensus stricts (les deux analyses de parsimonie) et un arbre d`intersection (parsimonie avec des États ordonnés), Botryopteris, Anachoropteris, et Psalixochlaena restent comme une polytomie. En outre, pour la parsimonie avec des États non ordonnés, d`autres clades, y compris Osmunda et Gleichenia (consensus strict) ou Osmunda et Psalixochlaena (arbre d`intersection), ne montrent pas de relations entièrement résolues (Fig. 5). Une fois que les modèles sont définis, ils peuvent être appliqués et utilisés. Lors de la configuration d`un calcul de probabilité, si vous indiquez d`utiliser «modèle de probabilité stockée», le calcul utilisera le modèle sélectionné pour tous les caractères. Alternativement, si les caractères utilisés sont stockés dans une matrice (au lieu de générer temporairement comme par des simulations), alors chaque caractère peut être assigné un modèle à l`avance du calcul. Pour ce faire, vous allez dans la fenêtre Liste des caractères, en sélectionnant la ou les lignes correspondant au (x) caractère (s) désiré, puis en touchant le titre de la colonne «modèle de probabilité».